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Fuente: unmundolibre

Para eviatr que una aplicación determinada consuma demasiados recursos de CPU es posible limitarlos instalando una aplicación denominada cpulimit.

cpulimit se encuentra en el repositorio universe de Ubuntu y podemos instalarlo escribiendo

sudo aptitude install cpulimit

El uso es bastante senciillo y permite limitar el uso de CPU de una determinada aplicación Linux bien mediante el njombre de la misma, bien mediante el número de proceso o PID

Si queremos evitar que Firefox no supere el 30% de uso de la CPU escribiremos
cpulimit -e firefox -l 30

En el caso de querer limitar al 40% el uso de CPU del PID 3675 anotaremos en nuestra consola lo siguiente:
cpulimit -p 3675 -l 40

También podemos añadir la ruta completa de nuestra aplicación:
cpulimit -P /usr/lib/firefox-3.0.11/firefox -l 30