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La posibilidad de incorporar anotaciones (resaltar, subrayar, agregar notas, etc) a los documentos PDF puede ser de gran utilidad.

Por un lado, el formato PDF soporta anotaciones y además es un estándar (en realidad, hay varios estándares ISO referidos a este formato).

Sin embargo, no hay lectores PDF libres capaces de manejar plenamente estas funciones. En Linux no hay ninguno, salvo Okular que brinda funciones análogas guardando las anotaciones en archivos externos al PDF (lo cual implica que las mismas se pierden cuando portamos el documento a otro ambiente).

Sin embargo, hay una solución: PDF-XChange Viewer, un software freeware nativo en Windows que corre en Linux mediante Wine. A diferencia de Okular, este software graba las anotaciones en el documento PDF de acuerdo a los estándares correspondientes, evitando de esa manera la posible pérdida de las anotaciones.

Sugiero utilizar en Linux la versión portable disponible en portableapps.com. En mi caso la versión portable actual 2.5.191.0 funciona correctamente bajo Kubuntu 10.10, pero en Xubuntu 10.10 por razones que desconozco debí utilizar la versión portable 2.0.40.7. Obviamente, también funciona bien en Windows.

En las notas que señalo mas abajo, se analizan en detalle los productos disponibles:

Cómo resaltar, subrayar, agregar notas, etc. en archivos PDFs

Finally, real PDF annotating under Linux! (with help from Wine)